Московская таможня создана 5 октября 2010 года приказом ФТС России от 22 сентября 2010 г. №1758.

С 20 января 2011 г. Зеленоградская, Ногинская и Щелковская таможни реорганизованы, в форме присоединения к Московской областной таможне. В результате реорганизации все подразделения данных таможен, за исключением ликвидированных, перешли в подчинение Московской областной таможне.

В соответствии с приказом ФТС России от 03 февраля 2017 г. № 162 «О переподчинении Московской областной таможни» с 1 июля 2017 года таможня подчинена непосредственно ФТС России.

Московская таможня является, на сегодняшний день, одной из ведущих таможен как по товарообороту, так и по массиву оформленных таможенных деклараций в Федеральной таможенной службе.

Регион деятельности Московской таможни включает Московскую область (за исключением аэродромов Раменское, Кубинка, Остафьево, Чкаловский и аэропортов Домодедово, Шереметьево) и город федерального значения Москва (за исключением аэропорта Внуково).

В структуру таможни входит 25 таможенных постов,  (из них 1 центр  электронного декларирования)

Экспорт товаров осуществляется в 150 стран мира. Основными странами-контрагентами по объему вывозимых товаров являлись: Египет, Индия, Украина, Алжир, Азербаджан, Китай, США.

В товарной структуре экспорта основная номенклатура экспортируемых товаров распределилась следующим образом: машиностроительная продукция, прочие товары, продукция химической промышленности, металлы и изделия из них, продовольственные товары, древесина и целлюлозно-бумажные изделия, текстиль и обувь.

Импорт товаров осуществляется из 182 стран мира. Основными странами-контрагентами по объему ввозимых товаров являлись: Китай, Германия, Италия, Польша, Сербия, Турция, Франция.

В товарной структуре импорта основная номенклатура экспортируемых товаров распределилась следующим образом: машиностроительная продукция, продукция химической промышленности, текстиль и обувь, продовольственные товары.