История создания Федерального государственного бюджетного учреждения «Центр лабораторного анализа и технических измерений по Южному федеральному округу» (ФГБУ «ЦЛАТИ по ЮФО») и его деятельности по лабораторно-аналитическому контролю источников антропогенного воздействия на окружающую среду началась еще в 1962 году, когда была создана Азово-Черноморская бассейновая инспекция по использованию и охране водных ресурсов. В 1964 году была организована гидрохимическая лаборатория в г. Краснодаре, а позже в городах Краснодарского и Ставропольского края: Сочи, Туапсе, Новороссийске, Ставрополе, Ессентуках и др. В 1980 году – в сеть по контролю качества вод Краснодарского края вошли лаборатории в городах Ейск, Армавир, Тихорецк, Славянск-на-Кубани. В 1989 году – создана специализированная инспекция аналитического контроля на базе «Азово-Черноморского бассейнового управления по регулированию использования и охраны вод» как структурное подразделение Краснодарского краевого комитета по охране природы.

Филиал ФГБУ "ЦЛАТИ по ЮФО" - ЦЛАТИ по Краснодарскому краю создан в 2016 году.

География филиала охватывает множество районов Краснодарского края. В состав филиала ФГБУ «ЦЛАТИ по ЮФО» - ЦЛАТИ по Краснодарскому краю входят аккредитованные испытательные лаборатории и испытательные центры г. Краснодара и территориальных отделов (г. Ейск, г. Майкоп, г. Славянск-на-Кубани, г. Новороссийск, г. Сочи), осуществляются договорные работы в г. Краснодар, г. Тихорецк, г. Ейск, г. Майкоп, г. Славянск-на-Кубани, г. Новороссийск, г. Сочи, г. Туапсе. В филиале осуществляют трудовую деятельность 105 высококвалифицированных специалистов. Знание специфики экологической ситуации в различных регионах края, возможность оперативно реагировать на ее изменения, опыт работы с предприятиями-природопользователями, а также высокий профессиональный уровень специалистов позволяет филиалу ФГБУ «ЦЛАТИ по ЮФО» - ЦЛАТИ по Краснодарскому краю обеспечивать качественное выполнение работ природоохранного назначения.

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Центр лабораторного анализа и технических измерений по Южному федеральному округу» - несомненно, лидер в природоохранной деятельности в регионе, с прогрессивным настоящим и надежным будущим.