Фонд является составной частью инфраструктуры Правительства Калининградской области в части поддержки предпринимательства в Калининградской области.

Фонд «Центр поддержки предпринимательства Калининградской области» создан 18 октября 2013 года на основании Постановления Правительства Калининградской области № 613 от 23 августа 2013 года «О создании фонда «Фонд микрофинансирования Калининградской области» в соответствии с п. 10 ч. 1 ст. 10 Федерального закона от 24 июля 2007 года № 209-ФЗ «О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации», п. 2 ч. 1 ст. 2 Федерального закона от 02 июля 2010 года № 151-ФЗ «О микрофинансовой деятельности и микрофинансовых организациях», п. 2 ст. 6 Закона Калининградской области от 20 октября 2008 года № 278 «О государственной поддержке малого и среднего предпринимательства в Калининградской области».

Деятельность Фонда координируется Министерством экономического развития, промышленности и торговли Калининградской области, которое формирует и осуществляет государственную политику по поддержке и развитию малого предпринимательства на территории Калининградской области.