В настоящее время Санкт-Петербургский НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера проводит фундаментальные и прикладные исследования в области эпидемиологии, микробиологии и биотехнологии в целях обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения РФ. В структуру Института входят пятнадцать научных лабораторий и четыре отдела, на базе которых действуют две Субнациональные лаборатории ВОЗ по диагностике полиомиелита и по диагностике кори/краснухи; референс-центры по мониторингу за брюшным тифом и по мониторингу за иерсиниозами; научно-методический центр по эпидемиологическому надзору за вирусными гепатитами; региональные центры по эпидемиологическому надзору за полиомиелитом, корью/краснухой, по сальмонеллезам, по риккетсиозам, Северо-Западный Окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД. Институт в целом выполняет функции научно-методического центра по мониторингу за возбудителями инфекционных заболеваний в Северо-Западном федеральном округе.

Помимо научных лабораторий в состав Института входит Испытательный лабораторный центр, Медицинский центр, Издательство, и Опытно-промышленное производство, выпускающее широкий спектр диагностических препаратов и селективных питательных сред для культивирования микроорганизмов.

Тесное и постоянное взаимодействие осуществляется Институтом с санитарно-эпидемическими службами, органами здравоохранения, службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. Все это создает прочную основу для дальнейшего планомерного развития и совершенствования деятельности ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.

Институт входит в Международную сеть Пастеровских институтов; сегодня в Сеть входят 33 института, расположенных на пяти континентах в 26 странах мира. Институт сотрудничает с Парижским Институтом Пастера и другими институтами Сети по проблемам микробиологии, эпидемиологии, вирусологии и иммунологии (в том числе в рамках программ ликвидации и элиминации инфекционных болезней).