Областной клинический онкологический диспансер начал свою работу в 1998 году. С 1998 года в Новгородской области одновременно со строительством специализированных корпусов областного клинического онкологического диспансера началось активное формирование онкологической службы. В конце 2000 года был открыт первый корпус диспансера в Великом Новгороде, в котором располагались стационар на 60 коек, дневной стационар на 30 койко-мест, а также поликлиника на 300 посещений в смену, амбулаторно-диагностические кабинеты, малый операционный блок, ОМК, пищеблок, администрация.

Сегодня мощность диспансера — 250 коек, в том числе 45 коек дневного пребывания пациентов при стационаре. Диспансер оказывает специализированную, в том числе высокотехнологичную, медицинскую помощь на базе семи клинических отделений.

Областной онкологический диспансер с 2000 года продолжает быть базой курса «Онкология» Института медицинского образования им. Ярослава Мудрого для подготовки студентов, клинических ординаторов и врачей-интернов.

На настоящий момент онкологический диспансер   оснащен самым современным  высокотехнологичным оборудованием для диагностики, лечения и выявления на ранних стадиях онкологических заболеваний, оказывает плановую и диспансерную помощь жителям Великого Новгорода и Новгородской области.

 Диспансер развернут в пяти корпусах, соединённых переходами.