Основным содержанием деятельности института является решение фундаментальных проблем в области эпидемиологии, медицинской и молекулярной микробиологии, инфекционной иммунологии. В этих исследованиях особое место занимают общие и частные закономерности распространения и эпидемического проявления инфекционных заболеваний; структура и динамика инфекционной патологии населения; возникновение, функционирование и эпидемическое проявление природных очагов болезней человека; генетика, молекулярная биология, экология и персистенция патогенных микроорганизмов; проблемы общей и инфекционной иммунологии, включая иммунорегуляцию и иммунокоррекцию, пути и средства диагностики и профилактики инфекционных болезней; биотехнология; нанотехнологии.