Институт основан в 1920 году под названием «Екатеринбургский химико-бактериологический институт». Это было первое научно-исследовательское учреждение медицинского профиля на Урале. В начале своей деятельности институт фактически представлял собой объединенную клинико-диагностическую и санитарно-бактериологическую лабораторию, обслуживающую военные и гражданские медико-санитарные учреждения.

Институт ориентирован на проведение исследований и разработок в области совершенствования систем противо­эпидемической защиты населения по актуаль­ным для региона инфекциям, разработ­ке новых молекулярно генетических техноло­гий диагностики и индикации вирусов клещевого энцефалита, гриппа, энтеровирусов. Институт ведет разработки по клеточным технологиям. Уже внедрены препараты на основе диплоидной клеточной культуры аллофибробластов для лечения тяжелых поражений кожных и слизистых покровов. Они широко применяется при лечении глубоких ожогов, в стоматологии и косметологии. Разрабатываются новые формы лечебных препаратов. Это направление деятельности института нашло поддержку в Правительстве Свердловской области. Активная научно-исследовательская дея­тельность всего института позволила получить за 9 десятилетий более 100 авторских свидетельств и патентов. Сегодня Екатеринбургский НИИ вирусных инфекций реально вос­требован в качестве научного центра, осуще­ствляющего научно-методическое обеспечение и практическую помощь в противоэпидеми­ческой защите населения не только Свердловской области но и всего УрФО.