Описание: |
Отдел системной биологии и биоинформатики ФГБУ «ЦСП» ФМБА России ищет биоинформатика с опытом работы с NGS-данными, знанием биологии и генетики, пониманием этапов анализа и обработки полногеномных данных (от выделения ДНК до аннотации генетических вариантов). Наш отдел выполняет научные исследования в области биоинформатики, разрабатывает пайплайны для обработки и анализа данных WGS, а также проводит научно-медицинские исследования и методические работы. Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность. Мы будем рады видеть в наших рядах инициативных и ответственных коллег, которые заинтересованы в получении результата. Обязанности - Разработка и внедрение критериев контроля качества на разных этапах работы с данными WGS;
- Работа с большими базами данных с биологической и клинической информацией: парсинг, статистический анализ данных, визуализация;
- Интерпретация и сопоставление полученных результатов запуска биоинформатических программ;
- Разработка новых и доработка имеющихся пайплайнов для контроля качества данных с использованием таких технологий и инструментов как Docker (Nexus), Git (GitLab), Jenkins, CWL (Rabix);
- Планирование, организация и проведение «мокрых» и «сухих» экспериментов для апробации новых метрик контроля качества NGS-данных;
- Оформление результатов работы в публикации.
Требования - Знание основ биологии, генетики человека.
- Знание технологий секвенирования следующего поколения.
- Уверенное владение bash.
- Владение инструментами визуализации данных с помощью Python или R.
- Знание основных биоинформатических инструментов для контроля качества данных.
- Понимание формата VCF, навыки работы с ним.
- Навыки тестирования ПО.
- Умение и желание готовить научные публикации.
- Высшее образование.
Преимущества - Опыт разработки метрик контроля качества NGS-данных на всех этапах обработки и анализа (от выделения ДНК до аннотации генетических вариантов).
- Опыт работы с геномными браузерами (IGV, NGB): установка, настройка, использование в работе.
- Навыки работы с базами данных (dbSNP, ClinVar, GNOMAD, UniProt, GeneCards и т.д.) и биоинформатическими интернет-ресурсами.
Условия - Рабочий график: 5/2 (очно).
- Оборудованное индивидуальное рабочее место с современным мощным ноутбуком и двумя мониторами.
- Зарплата: обсуждается по итогам собеседования.
- Возможно посещение конференций и других мероприятий по теме работы.
- Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.
Для отклика: напишите, пожалуйста, с какими NGS данными Вы работали, какие инструменты использовали. |